Przez 30 lat był dyrektorem tej instytucji. Od 2018 pracował z nami jeszcze jako główny specjalista ds. konserwacji.
Pracę zaczął od asystentury w dziale archeologii, później przeszedł wszystkie szczeble w hierarchii naukowej i administracyjnej (asystent, adiunkt, kustosz, starszy kustosz, zastępca kierownika, a później kierownik Działu Historii Zamku, wicedyrektor ds. naukowo-konserwatorskich), by w 1987 roku objąć funkcję dyrektora.
Mariusz Mierzwiński przez tych kilkadziesiąt lat pracy w muzeum wypracował sobie pozycję eksperta nie tylko w Polsce. Jest członkiem licznych organizacji i towarzystw naukowych. Jest współzałożycielem i wiceprezydentem Międzynarodowego Stowarzyszenia Zamków i Muzeów Nadbałtyckich, członkiem Polskiego Komitetu Narodowego Międzynarodowej Rady Ochrony Zabytków ICOMOS oraz Międzynarodowej Rady Muzeów ICOM. Odznaczony m.in. Złotą Odznaką „Za Opiekę nad Zabytkami”, Srebrnym Krzyżem Zasługi, nagrodą Fundacji Toepfera za wkład w rozwój współpracy między Polską i Bawarią.
Od 2008 roku posiada tytuł Zasłużony dla Miasta Malborka. Ma w dorobku też nagrody od branży turystycznej, Gryfa Pomorskiego, Medal za Długoletnią Służbę od prezydenta RP i wiele innych.